Hay muchos programas que lo hacen, podes googlear para encontrar alguno.
Hay addons para los navegadores, como el video downloader…
Pero acabo de encontrar un método que no hace falta ningun programa adicional.
Sólo se tiene que añadir un enlace en tu barra de vinculos (o a marcadores)
(arrastralo a la barra de vinculos)
EDIT: WordPress elimina el código del enlace, Pongo el javascript y lo que hay que hacer es crear el enlace y en url de destino poner todo el javascript.
//selecciona despues de esto
javascript:if%20(document.getElementById('download-youtube-video')==null%20&&%20!!(document.location.href.match(/http:\/\/[a-zA-Z\.]*youtube\.com\/watch/)))%20{var%20yt_mp4_path='http://www.youtube.com/get_video?fmt=18&video_id='+swfArgs['video_id']+'&t='+swfArgs['t'];%20var%20div_embed=document.getElementById('watch-embed-div');div_embed.innerHTML=div_embed.innerHTML+'<br%20/>%20<span%20id=\'download-youtube-video\'><a%20href=\''+yt_mp4_path+'\'>Descargar%20en%20MP4</a>%20'+%20%20((navigator.userAgent.indexOf('Safari')!=-1)?'(control-click%20and%20select%20<i>Download%20linked%20file%20as</i>)':('(bot%C3%B3n%20derecho%20y%20selecciona%20<i>Guardar%20'+%20(navigator.appName=='Microsoft%20Internet%20Explorer'?'destino':'enlace')%20+'%20como)</i>'))+'</span>';}void(0);
//selecciona hasta aqui y copia.
Es un javascript que estando en youtube, lo pinchas y en la descripción del video aparece “descargar video”

botón derecho, guardar enlace como, y le pones el nombre que quieras con extensión avi (por ejemplo) y a descargar!